Winznau gehörte, so weit man es mit Urkunden belegen kann, zum Pfarrsprengel Obergösgen. In der Gemeinde selber musste eine St. Johanneskapelle bestanden haben.
Während der Reformationswirren, als die Kapelle in Winznau und die Kirchen in Obergösgen und Lostorf derart zerstört wurden, dass darin keine Gottesdienste gehalten werden konnten, ordnete die Regierung an, dass alle drei Gemeinden in Lostorf zur Kirche zu gehen hatten und dass dieses Gotteshaus als erstes wieder instand gestellt werden musste. Obergösgen machte sich schon nach wenigen Jahren wieder selbständig, während Winznau über hundert Jahre bei der Pfarrei Lostorf verblieb.
Nach angeblichen Händeln mit dem Pfarrer wurde Winznau 1644 von der Obrigkeit wiederum der Anschluss an Obergösgen gestattet.
Die Winznauer widersetzten sich etliche Jahrzehnte den Anordnungen der Solothurner Regierung, weil sie der einheimische Anführer der Wiedertäufer, Benedikt Fischer, auch Bäni Senn genannt, daran hinderte. Nicht einmal das Geld, das der Vogt von Gösgen für den Altar in der Kapelle ausgegeben hatte, wollten sie bezahlen. Erst als zwei Ratsherren von Solothurn persönlich nach Winznau kamen und verlangten, dass der Betrag innert acht Tagen erlegt werden müsse, ansonsten sie mit einer Busse von 100 Gulden zu rechnen hätten, bequemten sich die Bewohner zur Begleichung der Schuld. Die Instandstellung der Kapelle wurde aber erst 1636 abgeschlossen und acht Jahre später wieder neu eingeweiht.