Im Vorfeld des Kulturkampfes trat die Solothurner Regierung die bis anhin ausgeübte Unterhaltspflicht der Pfarrhäuser und des Chores der Kirchen den Gemeinden ab. Die neu eingetretene finanzielle Belastung spürten die Gemeinden sehr. So auch die Gemeinde Obergösgen, die nun von Winznau eine Beteiligung an den Kosten für die Aufgaben der Pfarrei verlangte. Allerdings gewährte Obergösgen den Winznauern kein Anrecht an den Gebäulichkeiten und den Grundstücken und liess diese 1879 ohne Rückfrage bei den Behörden von Winznau auf den Namen «Gemeinde Obergösgen» im Grundbuch eintragen.
Weil Winznau sich an den Kosten nur beteiligen wollte, wenn die Gemeinde zu gleichen Teilen wie Obergösgen am Eigentum partizipieren konnte, entstand ein jahrelanger Streit, der 1887 den Höhepunkt erreichte, als Obergösgen «der Gemeinde Winznau die Anzeige machte, dass ab 1. Juni 1887 auf dem Friedhof Obergösgen kein Toter der Gemeinde Winznau beerdigt werden dürfe.»
Winznau beschloss nun, eine eigene Pfarrei zu gründen. Die Kapelle wurde zur Pfarrkirche erhoben, ein Friedhof angelegt, ein Pfarrer angestellt und ein Kirchenchor ins Leben gerufen. 1922/24 wurde die St. Karlskirche nach Plänen des bekannten St.Gallers Architekten Erwin Schenker gebaut. Dieser Rundbau, der anfänglich auf grossen Widerstand stiess, wurde 1974/75 renoviert und von allen Zierden «gesäubert».
Die reformierten Gläubigen wurden ab 1859, als die Kirchgemeinde Olten gegründet wurde, von dieser Pfarrei aus betreut, kamen dann 1944 zur Zweiggemeinde Trimbach und erhielten 1979 ein eigenes Gemeindezentrum in Winznau, wo auch einer der beiden Pfarrer der Kreisgemeinde Trimbach Wohnsitz hat.